摘要： 目的 探讨以SELDI蛋白质芯片筛选后的细胞差异表达蛋白的分离和鉴定方法及其意义。 方法 以经体外培养及10μmol/L褪黑素药物干预的内皮祖细胞差异表达蛋白质为研究对象，分别采用Tricine-SDS-PAGE和双向凝胶电泳方法进行差异蛋白分离及结果比较，以FT-MS二级质谱鉴定。 结果 经Tricine-SDS-PAGE分离后，选取分子量为53ku左右的趋势性差异表达蛋白进行FT-MS分析，质谱鉴定为微管蛋白-α3（吻合度评分为87）。经双向凝胶电泳分离后，于凝胶近酸性端、分子量在72～95ku之间区域，选取蛋白表达量较高的一点，质谱鉴定其为人热休克蛋白90-α（吻合度评分为91）。结论Tricine-SDS-PAGE对于大致35～62ku范围的蛋白分离较清晰、重复性好且样品用量少，2-DE对最低上样量有较严格要求，但它能提供分子量、等电点双重参数来更准确定位所感兴趣蛋白点，且对大分子量蛋白的分离效果更佳，经质谱鉴定结果理想。
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