利用同源序列确定人GIPC2核心启动子和寻找可能的顺式作用元件

基础医学与临床 ›› 2016, Vol. 36 ›› Issue (5): 688-693.

利用同源序列确定人GIPC2核心启动子和寻找可能的顺式作用元件

程志凯¹,郑直²

1. 中国医学科学院基础医学研究所中国协和医学院基础学院
2. 中国医学科学院

收稿日期:2016-01-14 修回日期:2016-03-15 出版日期:2016-05-05 发布日期:2016-04-26
通讯作者: 郑直 E-mail:zhizheng100@126.com

Identification of human GIPC2 core promoter and potential cis-acting element using sequence homology approach

cheng zhikai¹,

Received:2016-01-14 Revised:2016-03-15 Online:2016-05-05 Published:2016-04-26

摘要/Abstract

摘要： 目的利用同源序列确定人GIPC2核心启动子区和寻找可能存在的基因调控区域。方法利用1)Vista比对不同物种GIPC2基因编码区和非编码区序列，得到GIPC2同源序列；2）分别构建插入人和大鼠GIPC2翻译起始位点ATG上游不同长度截短片段的重组质粒，转染人HEK293T细胞和大鼠PC12细胞；3）根据报告基因荧光强度推断人和大鼠 GIPC2的核心启动子区；4）将人GIPC2内含子区同源序列置于核心启动子前面，构建重组质粒，转染HEK293T，HT-29和PC12细胞，检测启动子活性。结果人 GIPC2核心启动子区确定为+32至+190序列区域；人和大鼠GIPC2 ATG上游一段同源序列有抑制GIPC2启动子活性的功能；人和大鼠 GIPC2第一个内含子内的同源序列有促进启动子活性的功能。结论：利用同源序列方法确定了人GIPC2基因的核心启动子区，并且找到能抑制和促进GIPC2 启动子活性的可能的顺式作用元件。

关键词: 关键词：GIPC2 , 核心启动子区, 同源序列, 基因表达调控

Abstract: Objective To identify human GIPC2 core promoter and potential cis-acting element using sequence homology. Methods Homologous sequence of GIPC2 was identified by comparing GIPC2 coding and non-coding sequence from different species in Vista database. A series of luciferase constructs comprising human or rat GIPC2 sequences truncated at various lengths upstream of translation initiation site were tested in HEK293T and PC12 to confirm the core promoter sequence. Conserved intronic GIPC2 sequences were each inserted upstream of human core promoter to test for potential cis-acting regulatory activities. Results The human GIPC2 core promoter sequence spans from +32 to +190 upstream of translation initiation site. A homologous sequence 1500bp upstream of human GIPC2 translation initiation sites represses GIPC2 promoter activity and a homologous sequence from the first intron promotes GIPC2 promoter activity. Conclusions we have identified human GIPC2 core promoter and potential cis-acting element using sequence homology.

Key words: Key word: GIPC2, core promoter, homologous sequence , gene expression regulation

中图分类号:

程志凯郑直. 利用同源序列确定人GIPC2核心启动子和寻找可能的顺式作用元件[J]. 基础医学与临床, 2016, 36(5): 688-693.

cheng zhikai. Identification of human GIPC2 core promoter and potential cis-acting element using sequence homology approach [J]. Basic & Clinical Medicine, 2016, 36(5): 688-693.

[1]	姚涵, 徐文彬, 王冬来. 抗肿瘤药物FTY720对p53依赖的基因转录调控[J]. 基础医学与临床, 2021, 41(3): 311-317.
[2]	温见燕阴彬张英姿叶建伟廖文强于长安柯元南. MEF2C调控DOK5的基因表达[J]. 基础医学与临床, 2009, 29(4): 342-346.
[3]	王亚东赵彩彦. MicroRNA在肝病中的研究与应用[J]. 基础医学与临床, 2009, 29(2): 216-219.
[4]	刘家卓王建祥. PIG7基因与疾病[J]. 基础医学与临床, 2008, 28(6): 642-645.
[5]	张勤金红. TFPI-2基因的表达调控及其在疾病中的作用[J]. 基础医学与临床, 2008, 28(11): 1209-1211.