基因间长非编码RNA: T-UCRs转录活性的验证

基础医学与临床 ›› 2015, Vol. 35 ›› Issue (5): 632-636.

基因间长非编码RNA: T-UCRs转录活性的验证

王瑞雨¹,张靖²,朱丽媛³,彭小忠⁴

1. 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院
2. 中国医学科学院基础医学研究所&北京协和医学院基础学院生物化学与分子生物学
3. 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院
4. 中国医学科学院基础医学研究所北京协和医学院基础学院医学分子生物学国家重点实验室

收稿日期:2015-01-23 修回日期:2015-03-13 出版日期:2015-05-05 发布日期:2015-04-28
通讯作者: 彭小忠 E-mail:pengxiaozhong@pumc.edu.cn
基金资助:
IRES在翻译水平上介导的ADAR1表达上调影响神经胶质瘤发生发展的机制

Validation of intergenic long non-coding RNA: T-UCRs for their transcriptional activities

Received:2015-01-23 Revised:2015-03-13 Online:2015-05-05 Published:2015-04-28
Contact: Xiao-zhong PENG E-mail:pengxiaozhong@pumc.edu.cn

摘要/Abstract

摘要： 目的选择小鼠大脑皮层胚胎发育阶段转录的一类非编码RNA，即基因间区的T-UCRs作为研究对象，探究小鼠基因组上基因间超保守区域的转录活性。方法 1）利用UCSC数据库（NCBI37/mm9）通过生物信息学预测筛选在小鼠14.5天胎脑中可能表达的基因间UCR；2）Coding Potential Assessment Tool（CPAT）和Coding Potential Caculator（CPC）对筛选结果进行编码能力预测；3）RT-PCR对筛选结果进行验证；4）Real-Time PCR分析T-uc.62在不同组织中的表达差异以及在小鼠不同发育阶段脑组织中的表达变化。结果 1）通过UCSC网站上的RNA-seq数据库筛选得到16个可能在小鼠E14.5脑组织中表达的基因间UCRs；2）通过CPAT和CPC分析，16个UCRs均不具有蛋白编码能力，提示可能是非编码RNA；3）经过RT-PCR验证发现有15个是可以表达的；4）以T-uc.62为例，其主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达，而在小鼠的成年组织中低表达甚至不表达。结论基因间超保守区域可以转录生成长非编码RNA，其中，T-uc.62主要在小鼠发育阶段的脑组织中高表达；其可能在大脑发育过程中发挥重要功能。

关键词: UCR, 小鼠大脑发育, T-uc.62

Abstract: Objective Exploration of the embryonic development related transcriptional activities of a specific class of lncRNA, T-UCR (Transcribed Ultra-conserved Regions), in the brain. Methods UCSC Genome Browser (NCBI37/mm9) RNA-seq, Coding Potential Assessment Tool (CPAT) and Coding Potential Calculator (CPC), RT-PCR and Real-time PCR were employed to identify T-UCR, to predict coding potential, to display the spatio-temporal patterns in different mouse adult tissues and different mouse development stages of embryonic brain, respectively. Results The results show that there are 15 intergenic T-UCRs expressed in mouse embryonic brains, which may function as long noncoding RNAs. T-uc.62 is prominently expressed in mouse embryonic brains, rather than other adult tissues. Conclusion The intergenic T-UCR can be transcribed to long noncoding RNAs, and T-uc.62 is expressed mainly in mouse embryonic brains, which infers that T-uc.62 may be important in brain development.

Key words: UCR, mouse brain development, T-uc.62

中图分类号:

Q522

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