人糖皮质激素受体靶基因的生物信息学分析

基础医学与临床 ›› 2008, Vol. 28 ›› Issue (11): 1146-1150.

人糖皮质激素受体靶基因的生物信息学分析

曾灵顾玮严军王海燕周建云蒋建新

第三军医大学大坪医院野战外科研究所第三军医大学大坪医院野战外科研究所第三军医大学大坪医院野战外科研究所

收稿日期:2008-01-31 修回日期:2008-03-13 出版日期:2008-11-25 发布日期:2008-11-25

Bioinformatics Analysis of Human Glucocoiticoid Receptor Regulated Target Genes

Ling ZENG, Wei GU, Jun YAN, Hai-yan WANG, Jian-yun ZHOU, Jian-xin JIANG

Institute of Surgery Research;Daping Hospital.The Third Military Medical University Institute of Surgery Research;Daping Hospital.The Third Military Medical University Institute of Surgery Research;Daping Hospital.The Third Military Medical University

Received:2008-01-31 Revised:2008-03-13 Online:2008-11-25 Published:2008-11-25

摘要/Abstract

摘要： 目的分析糖皮质激素受体（GR）靶基因在人类基因组的分布及功能，明确其生物学意义；方法通过生物信息学的方法，在人类基因组中找出所有含有糖皮质激素反应元件（GRE）保守序列的基因。通过NCBI的基因注释得到基因名称、功能、基因的蛋白产物，以及其对应的GO号等，然后对这些基因的功能进行Gene Ontology(GO)分类，最后重点分析这些基因在免疫、炎症反应中的作用。结果含有GRE-1保守序列(5'-AGAACAnnnTGTTCT-3')的基因共有225个，其中有18个位于基因启动子区域，10个位于基因外显子区域，197个位于内含子区域；含有GRE-2保守序列(5'-GGTACAnnnTGTTCT-3')的基因有94个，其中有13个位于基因启动子区域，5个位于基因外显子区域，76个位于内含子区域；结论含有GRE的基因中F2R,DAXX,PAG1,ULBP3,OR8D4,RIMS1, NPY2R与激素代谢、免疫以及应激响应相关。

关键词: 糖皮质激素, 糖皮质激素受体, 糖皮质激素反应元件, GRE的保守序列, 生物信息学

Abstract: Objective To identify the distribution and function of glucocoiticoid receptor (GR) regulated target genes in the human genome, and to know the bioinformatic significance of it. Methods: With bioinformatics methods, we found out all the genes that contains Glucocorticoid Response Element's (GRE) consensus sequences, and extend our study to the distribution of consensus sequences in the human genome and the functions , protein products and the Gene Ontology (GO) number of the GR target genes and then to emphasize these genes' function in inflammation and immunity. Results: We found 225 genes which contain the GRE-1 consensus sequence (5'-AGAACAnnnTGTTCT-3') and 94 genes contain GRE-2 consensus sequence (5'-GGTACAnnnTGTTCT-3'). Conclusion: According to the analysis of the function of genes which contain the consensus sequence of GRE, F2R, DAXX, PAG1, ULBP3, OR8D4, RIMS1, NPY2R are correlate with inflammation and immunity.

Key words: Glucocorticoid, Glucocorticoid Receptor, Glucocorticoid Response Element, Consensus sequence of GRE, bioinformatics

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