胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

基础医学与临床 ›› 2010, Vol. 30 ›› Issue (12): 1284-1287.

胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

郑洁¹,王丽娜²,于恩燕³,吕世军²

1. 潍坊医学院病理学教研室2. 潍坊医学院3. 潍坊市妇幼保健医院

收稿日期:2009-10-23 修回日期:2009-12-23 出版日期:2010-12-05 发布日期:2010-12-05
通讯作者: 郑洁

Bioinformatic analysis of a novel gene GP1 differentially expressed in gastric cancer and its premalignant lesions

ZHENG Jie ¹,WANG Li-na ²,YU En-yan ³,LV Shi-jun ²

1. Department of Pathology,Weifang Medical College2. Weifang Medical College3. Weifang Women and Infants Nursing Center of Shandonge

Received:2009-10-23 Revised:2009-12-23 Online:2010-12-05 Published:2010-12-05
Contact: ZHENG Jie

摘要/Abstract

摘要： 目的利用生物信息学方法对新克隆的GP1的基因和蛋白序列进行分析，推测其在胃癌发生、发展过程中的作用。方法以人类基因组数据库为基础，利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析；BLAST程序进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索；ORF finder程序对GP1编码蛋白进行序列预测；应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息。结果 GP1基因全长1362bp，其最长开放读码框为801bp，编码267个氨基酸，相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100％)。在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C（eIF5C）具有低度同源性的结构域。SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达。RT-PCR验证了基因的组织表达谱。结论生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因，可能在胃癌的发生发展过程中起到一定的作用。

关键词: 胃癌, 癌前病变, 生物信息学, 功能预测

Abstract: Objective To analyze the gene and protein sequence of a novel gene GP1 with bioinformatics and explore its action in process of the gastric carcinogenesis and development. Methods Based on the human genome resource, Megablast and SAGE were used for the analysis of chromosome location and tissue expression of GP1; BLAST procedure was used to analyze the gene sequence and the similarity gene; ORF finder, ProParam, ProtScale and so on have been performed on GP1, sequence of the GP1 encoding protein, the physical and chemical characteristics, subcellular localization, functional domain and so on are predicted. Results The full length of the GP1 is 1362bp, the longest ORF is 801bp and encoded 267 amino with a low homologous eIF5C domain.GP1 gene is expressed in different tissues. Conclusion Bioinformatic analysis of GP1 showed that GP1 is a gastric cancer associated gene and may be involved in the process of the gastric carcinogenesis and development.

中图分类号:

R730.2

郑洁;王丽娜;于恩燕;吕世军. 胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析[J]. 基础医学与临床, 2010, 30(12): 1284-1287.

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