胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

基础医学与临床 ›› 2010, Vol. 30 ›› Issue (12): 1284-1287.

胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析

郑洁¹,王丽娜²,于恩燕³,吕世军²

1. 潍坊医学院病理学教研室2. 潍坊医学院3. 潍坊市妇幼保健医院

收稿日期:2009-10-23 修回日期:2009-12-23 出版日期:2010-12-05 发布日期:2010-12-05
通讯作者: 郑洁

Bioinformatic analysis of a novel gene GP1 differentially expressed in gastric cancer and its premalignant lesions

ZHENG Jie ¹,WANG Li-na ²,YU En-yan ³,LV Shi-jun ²

1. Department of Pathology,Weifang Medical College2. Weifang Medical College3. Weifang Women and Infants Nursing Center of Shandonge

Received:2009-10-23 Revised:2009-12-23 Online:2010-12-05 Published:2010-12-05
Contact: ZHENG Jie

摘要/Abstract

摘要： 目的利用生物信息学方法对新克隆的GP1的基因和蛋白序列进行分析，推测其在胃癌发生、发展过程中的作用。方法以人类基因组数据库为基础，利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析；BLAST程序进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索；ORF finder程序对GP1编码蛋白进行序列预测；应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息。结果 GP1基因全长1362bp，其最长开放读码框为801bp，编码267个氨基酸，相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100％)。在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C（eIF5C）具有低度同源性的结构域。SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达。RT-PCR验证了基因的组织表达谱。结论生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因，可能在胃癌的发生发展过程中起到一定的作用。

关键词: 胃癌, 癌前病变, 生物信息学, 功能预测

Abstract: Objective To analyze the gene and protein sequence of a novel gene GP1 with bioinformatics and explore its action in process of the gastric carcinogenesis and development. Methods Based on the human genome resource, Megablast and SAGE were used for the analysis of chromosome location and tissue expression of GP1; BLAST procedure was used to analyze the gene sequence and the similarity gene; ORF finder, ProParam, ProtScale and so on have been performed on GP1, sequence of the GP1 encoding protein, the physical and chemical characteristics, subcellular localization, functional domain and so on are predicted. Results The full length of the GP1 is 1362bp, the longest ORF is 801bp and encoded 267 amino with a low homologous eIF5C domain.GP1 gene is expressed in different tissues. Conclusion Bioinformatic analysis of GP1 showed that GP1 is a gastric cancer associated gene and may be involved in the process of the gastric carcinogenesis and development.

中图分类号:

R730.2

郑洁;王丽娜;于恩燕;吕世军. 胃癌及其癌前病变相关新基因GP1的生物信息学分析[J]. 基础医学与临床, 2010, 30(12): 1284-1287.

ZHENG Jie ;WANG Li-na ;YU En-yan ;LV Shi-jun . Bioinformatic analysis of a novel gene GP1 differentially expressed in gastric cancer and its premalignant lesions[J]. Basic & Clinical Medicine, 2010, 30(12): 1284-1287.

[1]	贾纯亮, 梁磊, 李翰嵩, 王剑, 张磊, 李青科, 姚远. 灯盏花乙素抑制人胃癌细胞系MGC803增殖和迁移[J]. 基础医学与临床, 2025, 45(8): 1048-1053.
[2]	李文华, 王润霖, 康乾鹏, 黄梅, 郭正光, 张春林, 黄永胜. p97抑制剂EerⅠ诱导胃癌细胞系AGS的凋亡与铁死亡[J]. 基础医学与临床, 2025, 45(11): 1401-1408.
[3]	杜红蕾, 张锋, 郭海彦, 徐宁, 吴震. 大车前苷抑制人胃癌细胞系BGC823增殖和侵袭[J]. 基础医学与临床, 2025, 45(10): 1333-1340.
[4]	刘保清, 黄容, 卢艳, 李凯, 张宁, 刘长征, 宋伟. 胃癌类器官在基础研究与临床应用中的进展[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(9): 1219-1222.
[5]	侯楠, 刘源, 高俊, 王晶, 袁萌. 全血NPM1、MCP-1和肠道菌群与胃癌进展及预后相关[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(8): 1137-1142.
[6]	孙旭, 李顺顺, 王殿恒, 王珍凤. CD44差异表达在胶质母细胞瘤中的生物信息学分析及细胞实验验证[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(6): 800-808.
[7]	刘潇, 王曌慧, 魏心怡, 周玥, 赵丽, 王玥, 李俊发. 糖尿病合并TREM2突变相关认知功能障碍的生物信息学分析[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(5): 630-636.
[8]	童玲, 张靖雯, 李帅, 段开鹏. 砷致胃癌的作用机制[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(11): 1598-1602.
[9]	李炜康, 李东宝, 任嘉裕, 孙小童, 段开鹏, 周进. Ghrelin在胃癌中的作用[J]. 基础医学与临床, 2024, 44(10): 1460-1464.
[10]	杨雅倩, 潘艳芳, 屈梦扬, 方艳, 应小平, 张玫倩, 魏静. 外泌体在肝癌前病变发生发展中作用的研究进展[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(9): 1453-1456.
[11]	郑彬彬, 林淑莹, 李德隆, 陈杰, 黄子成. 环状RNA ATP2B1靶向miR-452-5p降低胃癌细胞系的增殖和侵袭[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(6): 882-888.
[12]	谢晓婷, 张雷, 张莉, 董凤, 刘颖, 李光华, 杨兴. ASH2L在幽门螺旋杆菌感染的人胃癌细胞系中的表达及临床意义[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(3): 367-373.
[13]	鄢雯, 李囡, 古同男, 孔祥照. 从GEO数据库筛选结肠癌差异关键基因及验证[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(11): 1685-1692.
[14]	杨蛟洋, 舒格格, 李东宝, 周进. 信号通路在胃癌转移中作用的研究进展[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(11): 1707-1712.
[15]	刘东, 李庆妍, 王自全, 王丙武, 王保庆. 胃癌患者外周血miR-34a甲基化的检测及临床意义[J]. 基础医学与临床, 2023, 43(10): 1572-1576.