基础医学与临床 ›› 2019, Vol. 39 ›› Issue (6): 781-785.

• 研究论文 • 上一篇    下一篇

肝癌细胞系PLC/PRF/5中染色质重塑蛋白ATRX表达的调控作用

刘宏超1,梁俊波2,李光宇2,王晓月1   

  1. 1. 中国医学科学院 北京协和医学院
    2. 中国医学科学院基础医学研究所 北京协和医学院基础学院
  • 收稿日期:2019-03-18 修回日期:2019-04-16 出版日期:2019-06-05 发布日期:2019-06-04
  • 通讯作者: 王晓月 E-mail:pumcwangxy@163.com
  • 基金资助:
    国家自然科学基金

Transcriptional regulation of ATRX in liver cancer cell line PLC/PRF/5

  • Received:2019-03-18 Revised:2019-04-16 Online:2019-06-05 Published:2019-06-04
  • Contact: Xiao-Yue WANG E-mail:pumcwangxy@163.com

摘要: 目的 探讨肝癌细胞中地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因(ATRX)对基因表达的影响及其可能机制。方法 利用CRISPR/Cas9技术敲除PLC/PRF/5细胞中的ATRX。全转录组测序技术(RNA-seq)检测ATRX敲除前后的基因表达水平,并用DESeq2软件得出差异表达基因。最后利用转座酶可及性核染色质区域分析技术(ATAC-seq)对差异基因的染色质可及性进行分析。结果 分析得到2,754个差异表达基因,其中MUC16和CXCL8均在ATRX缺失后表达显著上调(P<0.05),且两基因附近都存在升高的染色质可及性的区域。 结论 在肝癌细胞中,ATRX调控大量基因的表达,且可能直接参与了MUC16与CXCL8的抑制,为进一步研究ATRX在肝癌发生中的作用提供了新的线索。

关键词: ATRX, RNA-seq, ATAC-seq

Abstract: Objective To explore the role of ATRX on gene expression in a liver cancer cell line. Methods CRISPR/Cas9 system was employed to construct a ATRX knockout cell line. Gene expression data was generated by RNA-seq, and a differential gene expression analysis was performed using DESeq2. At last, ATAC-seq was used to assess the chromatin accessibilities of differentially expressed gene. Results 2,754 genes with differential expression level were identified in this study. Both MUC16 and CXCL8 had increased chromatin accessibilities and were significantly up-regulated in the absence of ATRX. Conclusion ATRX regulated a large number of genes in liver cancer cells, and might be required for the direct inhibition of MUC16 and CXCL8.

Key words: ATRX, RNA-seq, ATAC-seq

中图分类号: