基础医学与临床 ›› 2010, Vol. 30 ›› Issue (12): 1284-1287.
郑洁1,王丽娜2,于恩燕3,吕世军2
ZHENG Jie 1,WANG Li-na 2,YU En-yan 3,LV Shi-jun 2
摘要: 目的 利用生物信息学方法对新克隆的GP1的基因和蛋白序列进行分析,推测其在胃癌发生、发展过程中的作用。方法 以人类基因组数据库为基础,利用Megablast工具和SAGE数据库对GP1进行染色体定位和组织表达分布分析;BLAST程序进行GP1的基因结构分析和相似序列搜索;ORF finder程序对GP1编码蛋白进行序列预测;应用ProParam、TMPRED等软件分析GP1编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位及结构域等信息。结果 GP1基因全长1362bp,其最长开放读码框为801bp,编码267个氨基酸,相似性搜索发现GP1基因片段与人AF083246基因片段具有很高的相似性(100%)。在GP1蛋白上有一个与真核起始因子5C(eIF5C)具有低度同源性的结构域。SAGE结果显示GP1在多种组织中都有表达。RT-PCR验证了基因的组织表达谱。结论 生物信息学的分析表明GP1是一个胃癌相关基因,可能在胃癌的发生发展过程中起到一定的作用。
中图分类号: