论著
刘越 范增华 孙洪波 冯金朝 张水仙 熊圣文 刘生全 黄璐琦
2011, 46(23): 1790-1794.
目的 为了在裂叶牵牛中开发功能性EST-SSR分子标记,分析裂叶牵牛EST-SSRs特征。方法 从NCBI公共数据库中下载裂叶牵牛EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、三、四、五、六、七、八核苷酸7种类型的SSR,统计分析裂叶牵牛EST-SSRs的特征。结果 从NCBI公共数据库中下载62 388条裂叶牵牛EST序列,剔除冗余序列,得到全长为8.35×106 bp的无冗余EST序列11 569条。在这些序列中搜索出985条EST序列含有1 132个SSRs,占无冗余EST序列的9.78%,平均每7.37 kb EST出现1个SSR位点。二核苷酸重复基元SSR出现频率最高(51.06%),其次是三核苷酸(33.57%),AG/TC、GA/CT和AAG/ TTC是二、三核苷酸中的优势重复基元。裂叶牵牛EST-SSRs以4~10次重复为主,基序长度主要集中于20~30 bp。结论 裂叶牵牛EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSRs具有较高的可用性。本实验通过对裂叶牵牛EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发裂叶牵牛的SSR功能性标记提供了候选序列。